El 15 de Marzo de 1988 comenzaron los trabajos de cimentación de la que sería futura estación central de Santa Justa cuya estructura se comenzó a levantar en otoño de ese mismo año, ocupando una superficie similar en dimensiones al Real de la Feria de Abril con 5.500 millones de inversión, este proyecto fue sin duda el eje central de la remodelación de toda red ferroviaria en aquellos años previos a la Exposición Universal de Sevilla.
Las obras de la estación de Santa Justa fueron adjudicadas en Enero de 1988 y tuvo un plazo de ejecución de treinta meses hasta Junio de 1990, el proyecto fue redactado por los arquitectos Antonio Cruz y Antonio Ortiz, que contemplaba tanto la estación en sí como sus construcciones perimetrales que incluían viviendas y oficinas, abarcando una manzana delimitada por la Avenida de Kansas City, la prolongación de José Laguillo, la Calle Greco y una nueva avenida que prolongaba la actual de la Borbolla.
La estación cuenta con diversas plantas en la que se dispone de muchos servicios necesarios además de diversas zonas comerciales, la estación tiene capacidad para un total de quince vías, seis de largo recorrido, otras seis de corto, una de servicios y otras dos más para auto expresos.
El edificio central está situado a una cota de diez metros para salir bajando y antes de Luis Montoto alcanzar la cota seis a la que discurriría el túnel que se proyectaba en aquel 1988, según los autores del proyecto, el hecho de plantear la estación dentro de una gran manzana con una inmensa plaza central tenía como finalidad el garantizar a los viajeros que lleguen por primera vez a Sevilla una visión de la ciudad perfectamente ordenada y configurada.
Durante las obras de cimentación de la Estación Santa Justa se hizo la similitud de las dimensiones que ocuparía toda la manzana que estaba incluida en el proyecto de la estación con el recinto que ocupa la Feria de Abril en los Remedios y que para acometer la ejecución de estas obras de Santa Justa se tuvo que realizar 300.000 metros cúbicos de excavación y utilizar otros 190.000 metros cúbicos de tierra en la cubrición de determinadas zonas y en la formación de los terraplenes donde se asentaría la propia estación.